Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. Le tout nouveau train à très grande vitesse Hyper Linear « Japanese Bullet » est le premier au monde à opérer dans un tunnel sous vide. Ce bijou de la technologie japonaise, capable d'atteindre 1000KM/h, sera inauguré à l'ouverture des JSM. Lors d'une fête organisée pour les sponsors des jeux, d'étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées. Conan enquête et trouve un lien potentiel avec les kidnappings qui ont eu lieu aux JSM de Boston 15 ans auparavant.